Die Tierseuchenkasse untersteht der Rechtsaufsicht und der Fachaufsicht des Ministeriums.
Die Satzungen, der Haushaltsplan, die Jahresrechnung, die Entlastung des Geschäftsführers, die Aufnahme von Krediten und die Bestellung des Wirtschaftsprüfungsunternehmens bedürfen der Genehmigung des Ministeriums. Die Satzungen und die Jahresrechnung sind von der Tierseuchenkasse in der Anlage Amtlicher Anzeiger des Amtsblattes für Mecklenburg-Vorpommern bekannt zu machen.
Das Ministerium kann Beschlüsse und andere Maßnahmen der Tierseuchenkasse auch dann beanstanden, wenn sie wichtige Belange der Tierseuchenbekämpfung berühren und gegen sie veterinärfachliche Bedenken bestehen. Beanstandete Beschlüsse oder Maßnahmen sind unwirksam.