Für die Rechnungs- und Kassenführung sowie die Rechnungslegung gelten die einschlägigen Landesbestimmungen entsprechend.
Der Verwaltungsrat hat dem Ministerium innerhalb von vier Monaten nach Abschluss des Haushaltsjahres die Jahresrechnung einschließlich eines Vermögensnachweises zur Genehmigung und Entlastung des Geschäftsführers vorzulegen. Die Jahresrechnung ist in zusammengefasster Form unter Angabe der Einnahmen und Ausgaben sowie der Bankbestände von der Tierseuchenkasse nach Maßgabe des § 16 Abs. 2 Satz 2 bekannt zu machen.
Die Jahresrechnung der Tierseuchenkasse ist von einem vereidigten Wirtschaftsprüfer zu prüfen. Die Bestellung des Wirtschaftsprüfungsunternehmens bedarf der vorherigen Genehmigung des Ministeriums.