Die Organe der Tierseuchenkasse sind der Verwaltungsrat und der Geschäftsführer.
Die Amtszeit des Verwaltungsrates beträgt jeweils sechs Jahre. Die erste Amtsperiode begann am 29. März 1993.
Die Organe haben die Interessen der Tierseuchenkasse und des Landes Mecklenburg-Vorpommern gewissenhaft wahrzunehmen und sind zum Stillschweigen über vertrauliche Angelegenheiten verpflichtet.
Die Haftung der Organe gegenüber der Tierseuchenkasse für Schäden, die sie in Wahrnehmung ihrer Tätigkeit verursachen, beschränkt sich auf Vorsatz und grobe Fahrlässigkeit.